云南省微生物发酵工程研究中心有限公司（简称工程中心）是根据国家中长期科技发展纲要和国家生物产业发展需求，为构建区域技术创新体系，提高技术创新能力，加大科技成果转化力度，采用“产、学、研”相结合的方式，由工程中心与科研院校共同组建成立的具有法人资格的工程研究中心。
2008年12月经云南省发展改革委员会考核认定为云南批省级“工程研究中心”。2009年6月经国家发展改革委员会认定为“微生物菌种筛选与应用国家地方联合工程研究中心”。工程中心在国家产业政策的指导下，与各级科研院所紧密合作，建立专业研发团队，推进基础研究、应用研究与产业开发整合，增强自主创新能力，为现代农业生产和农用微生物产业化发展提供科学依据和技术支撑，更好地服务于绿色、无公害、有机农业的可持续发展。
云南省微生物发酵工程研究中心有限公司占地102亩，设有微生物菌株基因工程改造技术平台、微生物发酵工程及工程化验证平台、微生物菌种保藏中心等相关技术平台。工程中心目前已经筛选了大量具有解磷、解钾、抗病、促生长功能的微生物，并制成农用微生物菌剂产品，同时针对有机物料的定向快速腐熟进行腐熟菌剂的研制。应用微生物技术开发环境友好型微生物肥料、有机肥料及其他微生物产品，实现节约资源，促进节能减排，倡导绿色，保护生态，提高农产品性，促进农业可持续发展，实现有机废弃物的综合利用。同时持续进行科技成果转化，增强自主创新能力，培养微生物工程方面和农业微生物运用领域的高水平技术人才，建成面向东南亚的先进微生物筛选和运用平台。
工程中心于2013年建立质量、环境、职业健康管理体系，形成三个体系的整合型《管理手册》（YWF-Q/E/O-SCA版），2013年5月通过新世纪检验认证工程中心的现场审核。并取得质量、环境、职业健康管理体系认证证书。
工程中心通过技术创新和科技研发，强化科研成果转化、优化产业结构，整合云南省优势生物资源，全力打造面向东南亚的先进微生物筛选和运用平台，让工程中心助推现代农业可持续发展的同时获得长足的发展空间。