生物肥料，有两种理解，一种是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。另一理解是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。现多用来改善土壤、防治细菌、害虫等。
要想提高生物肥料的使用效果，必须注意以下6点：
一是了解生物肥料的生产日期、使用量、用法等有关资料，在有效期期内施用。贮存时要避光、通风、干燥。
二是要了解微生物的作用，适用作物用及施用技术，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品种又有不同的根瘤菌肥。
三是提倡“早、近、匀”的施用技术，即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；施入地点离作物根系要“近”；种子与苗肥要拌“匀”。
四是提倡与有机肥混施，可以提高施用效果。
五是避免阳光长时间直射，施后及时覆土。
六是不宜与化肥、杀菌剂农药混用，以免影响肥效。