棉花从种植到丰收是一个很长的过程，在这中间需要各种各样的养分，微量元素对棉花生长发育和生理代谢起着重要的作用。如锌是多种酶的活化剂，并参与生长素的生物合成，增加铃重；硼能促进其他营养元素进入棉株体内、促进根系的生长发育和提高结铃率；锰对改善叶片光合作用效率、提高种子活力，增加植株抗病能力等具有重要的作用。在实际生产中，部分棉农长期侧重于氮、磷、钾肥的施用，忽视了微肥的应用，导致棉花生产严重缺乏微量元素，影响了棉株生长和棉花产量及品质，以下介绍锌、硼、锰三种微肥的施用方法。
锌肥以基施结合叶面施肥为好，一般亩施“禾丰颗粒锌”150~300克或“大粒锌”200~400克，播种整地前与复合（混）肥或细土拌匀后撒施、条施或穴施，也可和一定量的土拌匀，在棉花制钵前直接施于苗床钵土中，或在棉花移栽时与安家肥拌匀施用，以缓解棉花生长过程中土壤锌含量的不足。有滴灌条件的农田，可在苗期至花铃期滴灌50~100毫升/亩.次“禾丰锌”。在棉花蕾期或开花结铃期可叶面喷施锌肥，以增加外围桃，延长功能叶的寿命，增加衣分，提高产量和改善品质。叶面可喷施“禾丰锌”3000~6000倍溶液，期喷施2~3次。
硼肥可以基施，也可用于根外喷肥。一般基施方法较为简便、省工。每亩用“禾丰颗粒硼”200~400克，或用“大粒硼”200~400克，在棉花制钵前与其他基肥一起施入，或在棉苗移栽时与化肥一起施用，也可直接与其他基肥在播种前一起施用。叶面施肥用“禾丰硼”800~1000倍溶液，分别在棉花蕾期、初花期、盛花期喷施3次，如果土壤肥力较低，每次每喷硼时加0.1~0.5%尿素效果更佳。钾\硼配施具有相互增效的作用，在喷施禾丰硼的时可加入“磷钾动力”800~1000倍液体，也可用“金甲朋”800~1000倍溶液。
锰肥一般采用叶面喷肥或拌种的方式，叶面施肥可用“禾丰锰”2000~3000倍溶液，分别在棉花蕾期、初花期、盛花期喷施2~3次，拌种可使用200~300倍溶液拌种。试验证明，锰肥拌种对提高种子发芽率明显的促进作用，并具有防止植株早衰、提高棉花果枝数、增强植株光合效率等作用。