棉花在生长过程中不同时期需要的肥料是不一样的，棉花需要的基肥肥料以有机肥为主，一般为土杂肥、厩肥、堆肥、绿肥、河泥和草塘泥等迟效肥料。它们的养分含量和当年棉株对它们的吸收利用率均不相同，当年吸收利用率一般占基肥养分总量的30%左右，因此用作基肥施用量必须多一些。用作棉田基肥的农家肥种类繁多，肥效高低不一，黄河流域棉区棉田多用堆肥或土杂厩肥作基肥。
由于基肥肥效较低，一般棉田每公顷施用量30000千克以上，黄河流域棉区一熟棉田冬耕前将肥料撒施在地里，或开沟集中施用，然后翻耕入土，以利肥料腐熟分解。如果肥料不足，冬耕时未能施入，就要在春季尽量早施早耕。麦棉两熟套种棉田，以在麦类拔节前施用基肥较好，因为这时麦苗还小，在行间可以用犁深开沟，既可施肥质量，又不会损伤麦苗和麦根。