微生物菌肥在农业生产中起着非常重要的作用，其可以起到如下功效：
一、因为生物菌肥中包含有大量的生物菌，经过生物菌的活动，不仅能够改善土壤的理化性状，增加土壤中有机质的含量，并且还具有解钾、释磷、固氮的效果。在将生物菌肥施用到土壤之后，生物菌将会迅速增殖，形成群体优势分解土壤中已经固定的并作物不可以直接吸收利用的氮、磷、钾元素，并且固定空气中游离的氮，供应给作物吸收利用。
二、施用生物菌肥不会给农作物造成副作用，生物菌在土壤中的增殖代谢过程中可以创造赤霉素以及其它活性物质等内源激素，能够自身调节生理过程，不会农作物起到反面作用。
三、生物菌肥能够促使农作物生根、出苗、提前成熟，增强农作物的抗逆性，表现出抗病、抗旱、抗倒伏的效果。
四、生物菌肥自身没有毒害、没有残留，并且额可以分解土壤中因为长时期施用化肥、农药的残留，溶解污水灌溉之后的重金属残留，净化环境，是生产绿色农产品的肥料。
五、生物菌肥大多是以优质草碳为主要载体，其中草碳包含有大量的作物必须的微量元素。这是其它类型化学肥料没有具备的。