番茄缺肥会有明显的症状表现，番茄缺钙，会导致脐腐病，该病始发于幼果脐部，为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大发展成下陷、革质、褐色或黑色坏死区域，潮湿时斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，为典型的生理病害，各种品种都会染上此病。
番茄缺钙采用良好的预防措施，科学均衡的施肥，除施足腐熟的有机肥做底肥外，还要用一定量的过磷酸钙，以防土壤缺钙；深耕土地，采用地膜覆盖栽培，保持土壤水分相对稳定，减少土壤中钙的流失；适时浇水，及时供应水分，严防忽干忽湿。开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季注意雨后排水，确保根系正常生长；生长前期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，在坐果期可叶面喷洒1%的过磷酸钙浸出液或1%的氯化钙液，每10天左右喷1次，或用美林高效钙和其他钙制品喷洒幼果，间隔5-7天喷1次，每穗果连喷2-3次。另外，在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，健果生长。
番茄缺钾时期，叶脉会保持绿色，叶片卷曲，严重时沿叶缘发生灼伤，钾不足降低了果实中酸的含量，引起果实内部褪色，即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，钾素供给不及时，果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片，通常当结3-4穗果后，老叶出现缺钾，症状较为明显，若番茄根系发达，则症状出现缓迟。