大棚茄子后期管理时要注意补充充足的水分和肥料，要有针对性的补充氮、磷、钾肥。氮肥以碳酸氢氨为主，磷肥可以选择磷酸一氨，钾肥一般用硫酸钾或者叶面喷洒磷酸二氢钾；老、病叶要及时摘除；多余的枝条也应该剪除，保留三到四个枝头就可以了。
留枝栽培到六月盛果期结束后，随着夏季高温多雨的到来、以及植株的老化，茄子结果减少，品质下降。在大棚茄子六月后期管理时，要进行次整枝修剪。方法是选留一到二个靠近根部的、生长旺盛、无病虫害影响的枝条作为新的主蔓，在新主蔓上方5-10厘米处将侧枝全部剪掉，剪口距地面约30-35厘米。剪后用农用链霉素1克加75%百菌清可湿性粉剂30克，加水25-30毫升调成糊状，涂于剪口，以防感染。
剪枝后，应该进行一次挖沟。将厢沟挖深，挖起的土都堆到茄子根部。之后要结合培土，对大棚茄子每亩施腐熟农家肥200公斤或腐熟油枯80公斤，然后浇水。过15天左右开始现花蕾，当有50%的植株坐果后，要肥水齐攻，次追肥可施碳酸氢氨50公斤/亩，以后每剪一台茄子施肥一次，保持厢沟内略有积水。