番茄畸形果的防治必须从“小”抓起，花芽分化时要特别注意仔细管理，另外还要注意通风等措施，预防番茄畸形果。
番茄的花芽分化较早，在适宜的条件下，发芽后25～30天，幼苗有2～3片真叶时，花芽开始分化；第35～40天，开始第二花序的分化，到第60～65天时，第三序也已经开始分化，此时幼苗已具有7～8片真叶，花序已经现蕾或将要开花，到了适于定植的苗龄。栽培上，形成番茄产量的头三穗果的花芽在苗期就已经完成分化，提高番茄苗期管理水平，满足花芽分化所需适宜温度及其他条件，是预防和减少番茄畸形果有效的根本措施。这是在后期没法补救的。
番茄播种出苗至破心前，也就是花芽分化之前，可以降低苗床温度以利低温炼苗、控制徒长、增强适应性，可降低番茄畸形果发生率。破心后温度不可过低，保存昼温22～25℃、夜温13～18℃为宜，在适宜条件下，着花节位低、花芽分化快、花朵数多、花芽质量。
苗床要经常通风，保持较低的空气湿度和降低土壤湿度，这不但有利于花芽正常分化，还能培育壮苗，使秧苗叶片厚、颜色深、节间短，抗病力增强。苗床要增施磷钾肥，防止偏施氮肥，避免心皮过度分化形成带状扁形花，短柱头长萼片的畸形花。育苗期间给予充足的光照条件，不但可以增强光合作用、满足花芽分化所需营养，并可提高环境温度，苗龄不可过长，需按照适龄秧苗定植的原则，依据栽培方式和定植时期，如秧苗有徒长危险时，可采取加强通风，减少水分和喷施蔬菜杆控等措施控制徒长，但不能用低温控苗的措施，以免对花芽有不良影响。
番茄是茄果类蔬菜中容易受环境影响而形成畸形果的种类。番茄果实发育成整齐还是畸形果，取决于花芽分化的质量，幼苗在温度低、水分足、氮肥多的条件下，花芽容易过度的分化，形成多心皮的畸形花，将来所结的果实必然呈桃形、扁形、瘤型、指型等奇形怪状，一般没有完整的外果皮，如果幼苗苗龄过长，而且长期处于低温、干旱、少肥的条件下，花器容易木栓化，一旦条件适宜，木栓化的组织赶不上内部组织的迅速生长，而导致果实开裂，形成裂果、疤果或露籽果，这类畸形果的外果皮缺失一部分或大部，所以在花芽形成过程中，经历的低温时间较长，所形成的畸形花就较多，反之，就较少。所以预防番茄畸形果，育苗的时间、温度、水分、肥料是关键。