沼气肥是一种含氮、磷、钾齐全的速缓兼备的有机肥料，含有较多的易挥发的氨态氮，如果施用方法不当，容易损失肥效，达不到应有的增产效果。
沼气肥的施用方法：
随出随施，不宜久存。即从沼气池里取出来，直接挑到田里或土里，如果忙不过来，也只能在池外堆一两天，时间久了，氮会挥发掉。实验表明，沼气渣肥在露天堆放晒干，全氮损失65%左右，氨态氮损失87%。
沼气渣肥宜作基肥深施。沼气肥施于水田，是耖田时施用，使泥、肥结合，每亩施用量2000公斤左右；施于旱土，集中施用，如穴施、沟施，然后覆盖一层100毫米左右厚的土，以减少养分的挥发。
沼气水肥宜作追肥施用。施用时，应根据沼气肥料的质量和作物生长情况，掺水冲稀，以免伤害作物的幼根、嫩叶。
沼气肥与化肥配合施用。氨水和碳酸氢铵是生产成本较低的氮素肥料，呈碱性，肥分易挥发损失。沼液与氨水、碳酸氢铵配合施用，能帮助化肥在土壤中溶解，吸附和刺激作物吸收养分，并提高化肥利用率。可在每50公斤沼液肥中加入0.5-1公斤碳酸氢铵或氨水施用。
沼气渣肥与过磷酸钙混合施用，也能提高过磷酸钙的肥效。