根据棉花的不同时期要进行不同的防治，可以配合使用农药或者肥料来高效：
1、苗期病害综合防治
苗床应选择病土在避风向阳处，可以直接用多菌灵对苗床喷雾杀菌，以利棉苗生长短减轻枯黄萎病的发生以及延缓枯黄萎病的蔓延速度。
棉种带菌是苗病发生的主要菌源之一，因此，杀灭种子所带的病菌是防治棉花苗病的一条重要措施。可以播前晒种2-3日，或选用种衣剂包衣的精加工棉种，或用多菌灵拌种，或甲基立枯磷浸种5～6小时。
齐苗后，早发生的是立枯病和炭疽病，结合苗床浇水用多菌灵、或多锰锌、或甲基立枯磷泼浇。叶部病害选用多菌灵、甲基立枯磷喷蓖。整个苗床期防治2～3次。
2、棉花生育前期病虫害综合防治
防、治结合，减轻枯黄萎病发生为害程度。于仍种植感病品种的病田，则要采取综合防治的措施来减轻其发生为害程度，一是要深挖三沟防渍；二是在无病土育苗的基础上移栽时施用农药灌定根水，营养钵移栽后当日或次日用多菌灵加尿素灌根；三是对发病棉株追施碳铵杀菌促发。棉蚜、红蜘蛛、蝽蟓、红铃虫、棉铃虫等虫害防治药剂，上面已推荐，这里不重复推荐。
3、花铃期病虫害综合防治
棉花进入八月份以后，自身补偿能力明显减弱，病虫害的发生种类也与前期有明显的不同，棉田天敌对害虫的控制能力减弱。此时棉田发生的主要害虫，红铃虫和棉铃虫直接为害的是棉花的收获部分，若防治稍有失误，就可造成棉花严重减产。少数入秋后雨水多的年份，盲蝽蟓在田间不施药的情况下，可造成棉花绝收。因此，这一时期棉花病虫害的防治必须以药剂防治为主。应以防治棉铃虫、斜纹夜蛾为主，兼治其它害虫，对于铃病则以农业防治为主，辅以药剂防治。红蜘蛛、斜纹夜蛾、盲蝽蟓等虫害防治药剂，上面已推荐，这里不重复推荐。