胡萝卜的病害主要有黑腐病、菌核病、软腐病。虫害主要有胡萝卜微管蚜和茴香凤蝶(Papilio machaon)等等。
黑腐病(Alternarid radicina)：为真菌病。主要为害肉质根，形成不规则形或圆形、稍凹陷的病斑，其上生黑色霉状物。后期肉质根变黑腐烂。宜在贮前剔除病伤的肉质根，并在阳光下晒后贮藏。采收和装运过程中避免破损。菌核病主要为害肉质根，被害部分软化腐烂，表面生白色棉絮状菌丝体和黑色鼠粪状菌核。软腐病为害肉质根，被害部分软化腐烂，汁液外溢，有恶臭(见大白菜)。
虫害主要有胡萝卜微管蚜和茴香凤蝶(Papilio machaon)等等。在幼虫数量少时，可结合其他害虫的防治进行兼防。在幼虫数量多时，可进行专门的防，可用50%杀螟硫磷乳油1000-1200倍，或2.5%敌杀死乳油2000倍液，或20%氰戊菊酯乳油2500倍液，或2.5%功夫乳油2500倍液，或10%氯氰菊酯乳油2000-3000倍液等药剂喷雾防治。
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