甲基硫菌灵主要应用于喷雾，也可用于土壤消毒处理及灌根。喷雾用药时，注意与不同类型杀菌剂交替使用，减缓病菌产生抗药性。
番茄叶霉病、炭疽病、灰叶斑病、斑枯病：从病害发生初期开始喷药，7—10天1次，与不同类型药剂交替使用，连喷2-4次。一般使用70％可湿性粉剂800一1000倍液，或50％可湿性粉剂600-700倍液，或50％悬浮剂或500克／升悬浮剂800-1000倍液，或36％悬浮剂500-600倍液均匀喷雾。
茄子褐纹病、轮斑病、叶斑病、黄萎病：防治褐纹病、轮斑病、叶斑病时，从病害发生初期开始喷药，7至10天1次，连喷2到3次，药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。防治黄萎病时，首先在定植时定植沟（穴）均匀撒施药剂，每亩次使用70％可湿性粉剂0.8-1千克，或50％可湿性粉剂1.2—1.5千克，也可在定植后浇灌定植药水；而后从门茄似鸡蛋大小时开始用药液灌根，20～30天1次，连灌2-3次，每次每株浇灌药液200一300毫升。浇灌药液浓度同喷雾用药倍数。
辣椒炭疽病、菌核病：从病害发生初期开始喷药，7—10天1次，连喷2—3次，防治菌核病时重点喷洒植株中下部。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
黄瓜、西瓜、甜瓜等瓜类枯萎病：首先在育苗时进行苗床土拌药消毒，每立方米苗床土使用70％可湿性粉剂40一50克，或50％可湿性粉剂60—70克拌匀，而后播种；其次，在定植时定植沟（穴）撒施药剂，每亩均匀撒施70％可湿性粉剂0.8一1千克，或50％可湿性粉剂1.2-1.5千克，也可在定植后浇灌定植药水；第三，从定植后1个月左右开始，用药液进行灌根，20天左右1次，连灌2-3次，每次每株浇灌药液200一300毫升。浇灌药液浓度同“番茄叶霉病”喷药倍数。
黄瓜炭疽病、黑星病、蔓枯病：从病害发生初期开始喷药，7-10天1次，连喷2-4次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
西瓜及甜瓜的炭疽病、蔓枯病、叶斑病：从初见病斑时或病害发生初期开始喷药，7—10天1次，连喷2一3次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
苦瓜炭疽病、叶斑病：从病害发生初期开始均匀喷药，7-10天1次，连喷2-4次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
西葫芦叶斑病：从初见病斑时开始均匀喷药，7-10天1次，连喷2-3次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
冬瓜炭疽病、叶斑病：从病害发生初期开始均匀喷药，7一10天1次，连喷2-3次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
豌豆、豇豆、芸豆等豆类蔬菜的炭疽病、角斑病、锈病、叶斑病、白粉病：从病害发生初期或初见病斑时开始喷药，7-10天1次，与不同类型药剂交替使用，连喷3一4次。一般使用70％可湿性粉剂600一800倍液，或50％可湿性粉剂500一600倍液，或50％悬浮剂或500克／升悬浮剂600一800倍液，或36％悬浮剂400—500倍液均匀喷雾。
芹菜叶斑病：从病害发生初期开始均匀喷药，7-10天1次，连喷2-4次。药剂喷施倍数同“豆类蔬菜炭疽病”。
芦笋茎枯病、锈病：从病害发生初期开始喷药，7-10天1次，连喷2—-4次，在药液中混加有机硅等农药助剂可增加药剂赫附能力、提高药效。药剂喷施倍数同“豆类蔬菜炭疽病”。
葱、洋葱及蒜的紫斑病、叶枯病：从病害发生初期开始喷药，7—10天1次，连喷2次左右，在药液中混加有机硅等农药助剂可显着提高药效。药剂喷施倍数同“豆类蔬菜炭疽病”。
十字花科蔬菜的炭疽病、白斑病：从病害发生初期开始喷药，7-10天1次，连喷1-2次。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
落葵紫斑病、炭疽病、圆斑病：从病害发生初期开始喷药，7-10天1次，连喷2-3次，在药液中混加有机硅等农药助剂可显着提高药效。药剂喷施倍数同“番茄叶霉病”。
马铃薯干腐病：播种前拌种、贮运前药液浸泡薯块。拌种时每100千克种薯使用70％可湿性粉剂0-80克，或50％可湿性粉剂80-100克，混加滑石粉-1.5千克，先将药剂与滑石粉拌匀，而后再拌匀种薯。贮运前使用70％可湿性粉剂600一800倍液，或50％可湿性粉剂300-500倍液，或50％悬浮剂或500克／升悬浮剂600—800倍液，或36％悬浮剂300一400倍液浸泡薯块，浸泡半分钟后捞出、晾干，而后贮运。
菜用花生疮痂病、叶斑病、锈病：从病害发生初期或封垄后开始喷药，10天左右1次，连喷2-3次。防治疮痂病时重点喷洒植株中下部。一般每亩次使用70％可湿性粉剂80-100克，或50％可湿性粉剂120-140克，或50％悬浮剂或500克／升悬浮剂80一100毫升，或36％悬浮剂120一150毫升，对水3045千克均匀喷雾。
菜用大豆炭疽病、紫斑病、菌核病、锈病：进入结荚盛期后，从病害发生初期开始喷药，10天左右1次，连喷2次左右。防治菌核病时重点喷洒植株中下部及土壤表面。药剂喷施倍数同“豆类蔬菜炭疽病”。
菜用玉米叶斑病、锈病：在病害发生初期、遇有多雨潮湿等高湿条件时开始喷药，7-10天1次，连喷1-2次。药剂喷施倍数同“豆类蔬菜炭疽病”。
常见商标名称：甲基硫菌灵、杀灭尔、农百金、快益灵、凯江、瑞托、华阳、吴农、飞达、禾晶、韩孚、新益甲托等。
主要含量与剂型：70％可湿性粉剂、50％可湿性粉剂、50％悬浮剂、500克／升悬浮剂、36％悬浮剂。