辣椒在定植以后如果浇水过大或者雨水进棚导致土壤湿度过大，致使沤根或根系受伤而感染土传病害。还有可能造成死棵。导致辣椒死棵的病害主要是腐皮镰孢菌根腐病、疫霉根腐病、枯萎病、茎基腐病、青枯病等，这几种病害的共同特点是一旦发病，传播速度很快。若菜农先进行划锄，在土壤干湿度允许的情况下再采取药剂防治措施，这样往往是两三天之后，一般这段时间病菌已经侵染木质部，再采取药剂防治措施效果已不明显。
一旦出现辣椒死棵现象，应立即采取药剂防治措施，可选择乙磷铝锰锌、普力克等药剂进行灌根。灌根要有选择性，出现萎蔫的植株要重点灌根，暂时没有出现症状的植株可适当减少用药量。
灌根之后，首先要解决的问题是土壤湿度过大。建议菜农先进行中耕划锄，加快降低土壤湿度的同时，增加土壤的通透性，可降低根系沤根、伤根的程度。中午注意降低棚内温度，以减少沤根的风险。
防治腐皮镰孢菌根腐病、疫霉根腐病、枯萎病、茎基腐病、青枯病引发的死棵，尚未定植的辣椒要用药剂进行土壤消毒处理。定植前用多菌灵加福美双拌土穴施，一般亩施各2千克即可。定植缓苗后用甲基立枯磷1000倍混普力克600倍加DT500倍灌根防治。并喷用6000-8000倍的爱多收促进植株生长。若是还没有定植的辣椒出现雨后死棵现象，建议先把育苗钵从育苗畦内移到高燥地块。进行灌根防病处理。原来的育苗畦由于已被病菌感染，需要进行土壤处理，一般使用氯溴异氰脲酸即可。