西葫芦菌核病主要为害西葫芦果实及茎蔓。西葫芦果实染病后，残花部分会呈现水浸状腐烂，而后长出白色菌丝，菌丝上长出黑素菌核，病部以上叶、茎蔓会逐渐枯死。菌核病是真菌性的病害，经常造成植株的枯死或者腐烂的现象。
西葫芦在播种前，使用10%盐水加新高脂膜800倍液浸种2-3次，汰核，可采用高畦覆盖地膜抑制子囊盘出土释放子囊抱子，减少菌源。在温度为20℃，容易引发病菌。菌丝在潮湿环境下，温度相对在85%以上时发育良好，高温高湿的环境条件下，更有利于菌核的形成。
西葫芦菌核病的防治方法，在西葫芦种子栽种前，进行消毒，将种子进行处理，用52℃温水浸种30分钟，将菌核消灭，或者用种子重量0.4%-0.5%的50%异菌脲悬浮剂对种子进行包衣。在西葫芦种植前，对土壤进行处理，定植前用40%五氯硝基苯可湿性粉剂，或者选用40％福尔马林每平方米用药20-30ml加水2.5-3L，均匀的洒于土壤表面，充分拌匀后进行堆置，充分的杀灭病菌。
在西葫芦菌核病发病初期可以施用，50%乙烯菌核利可湿性粉剂600-800倍液和70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液；50%异菌脲悬浮剂800-1000倍液和25%戊菌隆可湿性粉剂600-1000倍液；40%菌核净可湿性粉剂600-800倍液和50％克菌丹可湿性粉剂400-600倍液；农药结合水，进行喷雾洒施，根据西葫芦病情进行施药，间隔7-10天间隔喷1次。