甜菜苗期病虫害主要有立枯病、象鼻虫、地老虎等，可通过杀菌剂、杀虫剂拌种包衣种子予以预防。象鼻虫、地老虎发生时用90%的晶体敌百虫毒饵诱杀或叶面喷施50%甲基硫环磷1000倍液防治。
甜菜中后期主要病害有褐斑病、白粉病、根腐病、丛根病等。防治褐斑病可在发病初期用75%甲基硫菌灵1000～1500倍液叶面喷施，防效较好。防治白粉病用25%粉锈宁或羟锈宁可湿性粉剂，于7月下旬至8月上旬喷一次即可，甲基硫菌灵、多菌灵对白粉病也有较好的防治效果。
根腐病、丛根病等土传病害，目前还没有理想的防治方法，应结合农业防治，严格进行5～8年轮作并广泛应用药剂拌种。对零星发病的条田，要及时拔除病株，隔离消毁。
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