机插稻的分蘖发生节位非常低，分蘖期又很长，为了把群体穗数掌控在适宜范围之内，在施用的考虑上主要是应该改进分蘖肥的施用时间，以调整利用适宜的分蘖节位以及控制中期群体，并且增加穗肥的施用，促使颖花分化而争取大穗。
机插稻伤根重，在插入到田中之后的新根发生比较缓慢，若是过多施用基肥则无法利用，若是在早稻生长期前期出现低温阴雨天气，极易导致肥害僵苗；也会因为在移栽之后灌水及排水的频繁，致使肥料出现严重流失，使肥料的利用率大大降低。所以，科学的施用方法通常是在机插之后一周长第2心叶时，施次返青分蘖肥，并且与使用小苗除草剂进行化学除草相结合。在机插之后的12天到14天再施用一次分蘖肥，在栽后的18天左右根据幼苗情况可再进行施一次肥，通常是掌握在有效分蘖叶龄期以后，能够及时退劲为宜。注意若过多、过迟的施用分蘖肥，将会造成群体过大，对水稻的成穗率和大穗的形成影响非常的。
肥料运筹。和常规手插早稻比较，机插稻秧苗比较小、大田分蘖期很长，在前期吸氮素少、中期吸氮量大，在种植上应“前氮中移”，适宜减少基肥中的施氮量，通常占总共施氮量的三十。机插稻高产栽培，平均每亩需要施用纯氮18千克到20千克，氮、磷、钾的配比是为1∶0.5∶0.6，基肥、分蘖肥、穗肥的施氮比例大体是3∶3.5∶3.5。磷肥应该全部基施；钾肥基施、拔节肥用量各半。分蘖肥分成两次施用对促进分蘖早发、稳发比较有利。在机插之后的6天到7天施一次，使用量占分蘖肥的四十，可以结合化学除草平均每亩使用尿素5千克左右，栽后半个月施用余下的分蘖肥。
穗肥可以按照苗情作适宜的增减，缺肥田块应该提早施用。施用合理对巩固穗数及争取大穗很有帮助，但是需要避免叶面积过分增长，以形成合理的冠层结构，利于增加结实率以及千粒重。机插早稻施用穗肥，通常分为分促花肥以及保花肥两次施用。机插稻施用促花肥，它的作用是促使穗枝梗以及颖花的分化。提高每穗颖花数。通常是在穗分化的始期，也就是在叶龄余数13.5左右时施用，并且可结合具体苗情而决定，即叶片正常褪淡，可以平均每亩施用尿素7.5千克到10千克进行追施；若是叶色比较深不见褪淡，可以推迟并降低施用量；若是叶色比较淡的，可以提早3到5天施用促花肥，并且适宜提高用量；如果叶色一直比较深的也可不施。保花肥通常选在出穗前的18天到20天施，具体时期可以通过田间观察，也就是临田剥查10个之上单茎的叶龄来确定。当五十的的有效茎蘖叶龄余数不超过1.2叶的时候，是为追施保花肥的适期，通常每亩使用量为尿素7.5千克左右，对那些叶色浅、群体生长量小的可以多施，但是每亩尿素不要超过10千克；若是叶色比较深或是浓绿的，则适宜少施或是不施。