蘑菇在生长过程期间，会遭受病害的威胁，在病害初发生时，应防止病害大量的繁殖形成更大的危害。
对于蘑菇病虫害初期，将菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清出棚，浸药后进行及时处理，也可采用喷药后进行闷毕，将料土进行封堆，使其产生热量，能够快速杀死病菌，将病毒能够及时清理出棚，防止蘑菇病虫害进行扩散和蔓延。蘑菇病虫害有效的防治方法，清理蘑菇棚周边的环境，将杂草及时清理干净，多次喷洒500倍左右的剂多菌灵类，的清理蘑菇周边的环境，使其能够正常生长。采用蘑菇祛病王是一种抑菌剂的复配，对病毒病菌有着较强的杀伤力。同样，也可使用10倍强优戊二醛溶液、200倍金星液，蘑菇病虫害选用以上农药能快速消灭虫害，生产中尽管甲醛的刺激性较大，但配制多甲溶液喷洒的效果有明显的不同，一般可按多菌灵：甲醛：水为1：2：100的比例，如若上季栽培时病害较重，可加大农药浓度。
在蘑菇覆土时，施用福尔马林每2公斤/立方米进行，加大通风量和温度，在覆土后施用剂500-1000倍的或多菌灵500-1000倍的均匀喷洒菇床面和周围环境进行有效的。有效的加强蘑菇的管理，使得冲害能够远离。