辣椒根腐病是辣椒常见的病害之一，在各地的菜区均有发生，在露地栽培、保护地栽培均会发病。在病害严重时，会造成根系腐烂、植株枯死，造成植株发育不良，矮小，病株在白天萎蔫，多日之后辣椒整株会枯死。
辣椒根腐病主要为害甜、辣椒茎基部，病株部分的枝叶会变黄萎蔫，茎内会呈现出褐色，湿度大造成根基部腐烂。此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，逐渐腐烂，致幼苗枯死。
应采取有效的方式，进行及时的防治辣椒根腐病的出现，发病初期开始喷洒或浇灌36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、40%混杀硫胶悬剂500倍液。在植株初开花结果时，施用清枯立克500倍液沿茎基部进行灌根，7天左右用药1次，能有效的防治辣椒根腐病。