棉花的枯萎病，凡是出现过此病的大田，以后再种棉花会十分容易得这种病，甚至会更加严重，这是因为这类病菌一旦在土壤里潜伏下来，就难以根除，当遇到适宜的气候条件时，很易复发。
近些年，我国陆续引进和选育了一批抗虫棉品种，抗虫性、丰产性大都不错，气候正常的年份，抗虫棉品种增产优势也很显著。但抗虫棉的弱势是抗病性有些不足，当6月上旬至7月上旬，遭遇持续阴雨的不利气候时，有的抗虫棉甚至严重感病。其中，有的抗虫棉品种感病率达40%左右，虽然抗虫，但仍会出现减产。同时，多数抗虫棉品种上桃比较集中，后期容易早衰，生产上也值得特别注意。
防治棉花枯萎病的有效办法，除了选用抗病品种增强抗病性外，另外改善水系设施，改进施肥技术，可以增强抗病能力。
一、增施各类有机肥料。我曾在几处棉花枯萎病发病株达20%左右的棉田施用生物有机复合肥料，当年的发病株降至5%以内，比相邻的同类未施用生物有机复合肥的棉田感病株降低15个百分点左右。这是因为生物有机肥的分泌物，能抑制病菌的繁衍入侵。因此，一可每亩施用农家积造的有机肥3000~4000公斤；二可施用不同菌种的生物有机复合肥，每亩75公斤左右；三可施用高能有机复合肥，每亩100公斤左右，各地可结合当地的实际情况灵活选用。
二、增施钾肥用量。多年的棉花生产实践表明，常规棉对钾肥的需求量比抗虫棉相对要少，现在抗虫棉市场占有份额大，而抗虫棉对钾肥的需要量要比常规棉高出一倍以上。大田种植抗虫棉缺钾现象比较普遍，增施钾肥既可增强对枯萎病的防御能力，又可预防因为缺钾引发的生理性病害（凋枯病）及持续高温、暴雨之后常易爆发的红叶茎枯病，还可避免早衰。一般每亩施用钾肥不少于30公斤。
三、重施普施花铃肥、桃肥。棉花进入花铃期，是需肥的高峰期，每亩要施高含量的多元复合肥20公斤左右，单株结有3个左右成桃时，每亩还应施尿素15公斤左右。同时，根外喷施磷酸二氢钾、速乐硼等，能有效地防止棉花早衰垮杆。
四、改善水系设施。在枯萎病发生严重的年份里，我们在田间调查中常可见到，在同一常易发生枯萎病的棉田中，地下水位高的地段比地下水位低的地段发病率要高得多，说明根系发育不良的棉花对枯萎病菌的入侵抵抗能力减弱。棉花发苗首先发根，棉田水系设施好坏，事关棉花根系的壮弱，发根好的棉花，也能增强对枯萎病的抗性。因此，高产棉田，应做到排水大沟、厢沟、腰沟相通，日降100毫米的大雨能排、能降、能滤，雨住田干。