化肥与生物有机肥混合施用的好处：
有机肥除了能供给作物多种养分外，还能更新和积累土壤有机质，促进土壤微生物活动，有利于形成土壤团粒结构，协调土壤中水、肥、气、热等肥力因素，增强土壤保肥供肥能力。化肥具有养分含量高、肥效快，但肥效持续时间短，养分单一等特点。若将二者进行科学地搭配起来，不仅能防止有效成分的挥发流失，而且还可以使肥效大大地提高，满足作物各个生长期对养分的需要。其好处是相当多的：
一是可以较为地为作物生长提供养分。有机肥所含养分较全，肥效稳而长，不仅可以供给作物，而且可以供给土壤微生物氮、磷、钾等养分，以及维生素和生长等。有机肥施入后，土壤中的酶活性增强，有利于养分转化。如有机肥与过磷酸钙混合，可以促进土壤中自生固氮菌的生长，增加作物氮素营养。
二是可以提高肥效。如过磷酸钙、微量元素等肥料施入土壤后易被固定而降低养分的有效性。如果化肥与有机肥混合使用，由于减少了化肥与土壤的接触面，从而减少了养分的固定，提高了养分的有效性。又如许多化肥与有机肥混合后，化肥可以被有机肥料吸收保蓄，减少流失。再则，化肥与有机肥料掺合还可以促进有机肥腐熟分解，提高肥效。
三是可以减少化肥单独使用带来的副作用。在单独施用较大量化肥或化肥施用不均时，往往土壤溶液浓度高，影响作物吸收。另外，如长期单独地施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，导致土壤板结。如果化肥与有机肥混合施用，就可在很大程度上避免上述情况的发生。
四是可加速有机物的分解。化肥能供给微生物生长发育的无机营养，农家肥是微生物生活的能源。如在秸秆还田和施用未腐熟的有机肥时，加入化学氮肥就可以避免作物因早期缺氮而影响生长。