到目前为止，已获得国家批准登记的微生物肥料只有400多种，实际上生产的厂家已超过2000多家，市场上销售的微生物肥料良莠不齐，为了维护广大农民的切身利益，在选购、应用时应注意以下几个问题：
1、没有获得农业部登记证产品不能购买国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，证明其效益、、后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证，正式登记证有效期5年。没有获得农业部登记证的微生物肥料，质量有可能有问题，不要购买和使用。
2、有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买国家规定微生物菌剂有效活菌数 2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数 2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
3、存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。
4、存放条件和使用方法须严格按规定办微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和剂混合，在使用微生物肥料时必须按产品说明书进行科学保存和使用。