稻套麦通常有在小麦收获前20天左右套播和收麦前1～2天套播两种方式。收麦后麦秸草全量还田时，有的均匀覆盖于畦面，有的将秸草铺到墒沟里，那么此时选择除草剂要十分慎重。
麦收前20天左右套播的，收麦后田间水稻一般已达2叶期以上（通常将麦秸草铺到墒沟中还田）。可以在收麦后立即灌水，过1～2天水退下后根据田间草相选用茎叶处理剂防除田间杂草，药剂可以选用二氯喹啉酸及其与苄嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配剂，或者五氟磺草胺及其与氰氟草酯的混配剂等。田间无水层时喷药，施药后第二天复水，保水1周左右。使用五氟磺草胺及其与氰氟草酯混配剂的田块，宜在用药后5～7天，再次用丁草胺或二氯喹啉酸与苄嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配剂进行土壤封闭处理。
麦收前1～2天套播的，在麦收后将秸草铺到墒沟中（如果田间已有杂草发生，可以用草甘膦、百草枯喷雾灭除），灌水并保持“瓜皮水”，等稻种萌发，根系下扎后，排尽田水，喷施适合在直播稻田播后苗前使用的丙草胺及其与苄嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配剂（田间有处于立针期的禾本科杂草时，可以适当加量使用丙草胺，能将幼草灭除）。以后到水稻2～3叶期根据田间草相用药进行茎叶处理。
麦收后秸秆均匀铺在畦面的，前期进行土壤封闭处理比较困难，可以考虑在田间禾本科杂草基本出齐，处于5叶期之前时，根据草相选用茎叶处理剂防除田间杂草，药剂同样可以选用二氯喹啉酸及其与苄嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配剂，或者五氟磺草胺及其与氰氟草酯的混配剂等。