核病防治应以预防为主，其主要防治技术措施如下。
1.防止种子带菌通过筛选、风选、药剂拌种等方法消核和杀灭种子表皮病菌，播种无病种子。在播种前可用0.5～0.75克食盐或0.5～1千克硫酸铵，兑水5千克选种，除去上浮的秕粒和菌核，用清水洗干净后再播种。
2.水旱轮作，避免连作苗床、大田不重茬。油菜地尽可能避免连作，实行水旱轮作，以减少田间菌核量。油菜收获后，将在田间、路旁和脱粒场等处的病残体，集中烧毁。
3.加强田间管理，改善群体结构，注意开沟排渍，做到雨住田干。秋季深耕，春季中耕培土1～2次，可以破除、淹埋子囊盘。及时除草，减少田间荫蔽。重施基肥，增施有机肥、磷钾和硼肥，适当施用氮素化肥。早施薹肥，避免薹花期过量施用氮肥。做好中耕培土，及时摘除病、黄、老叶，随即带出田外，减轻病菌蔓延危害。在土壤肥力较高的地区，适当降低油菜的种植密度，以改善通风透光条件。
4.适时药剂防治油菜花期是易感病期，也是防治油菜菌核病的关键时期。一般喷药2次，掌握在初花期用好第1次药非常重要，7～10天后用好第2次药，2次药后若遇连续阴雨天，还应设法用好第3次药。为防病效果，用药时一要坚持对足水量50～60千克；二要坚持喷粗雾，从花到基部茎秆都要处处喷到，使植株外表形成药剂保护层。喷药时在药液喷洒植株各部位的前提下，重点喷洒植株中下部茎叶。常用药剂：40%五氯硝基苯可湿性粉剂有效成分2625克/公顷，兑水150～300千克，于发病初期拌土撒施根部附近；70%甲基硫菌灵可湿性粉剂有效成分750～937.5克/公顷，兑水600～750千克，每7～10天喷雾1次，共喷两次；50%乙烯利菌核可湿性粉剂有效成分562.5～750克/公顷，兑水750～1125千克，于发病初期，每7～10天喷雾1次，共3～4次；40%多菌灵悬浮剂或25～50%可湿性粉剂有效成分562.5～937.5克/公顷，兑水750～1125千克，于盛花期和终花期各喷1次；50%扑海因可湿性粉剂有效成分500～750克/公顷，兑水750～1125千克，于盛花期和终花期各喷1次；50%速克灵可湿性粉剂，有效成分225～450克/公顷，兑水750～1125千克，于盛花期和终花期各喷1次；或50%咪鲜胺锰盐，40克兑水20千克喷雾。在油菜盛花期，摘除植株中下部的黄叶、老叶和全株的病叶，并将摘下的叶片带到田外处理。
需要注意的是，油菜菌核病病菌已普遍对多菌灵类药剂产生了抗性，使用菌核净、腐霉利、使百克、万霉灵（乙霉威）、敌力脱（丙环唑）单剂及其复配剂等效果较好，同时也应选用早熟、抗病、优质高产的油菜品种。