大棚内的西葫芦特别容易发生以下五种病害，其防治方法分别不同，在选择农药的时候要十分小心。
一、白粉病
发病初期用威远的40%黑星必克1500倍液，于发病初期喷洒在叶片上，7-14天喷1次，连喷2-3次，或发病初期用45%百菌清烟剂，每667平方米用250-300克分放在棚内4-5处，点燃闭棚熏1夜，次晨通风，7天熏1次，视病情连续熏3-4次；。
二、灰霉病
发病初期喷洒50%多霉威可湿性粉剂600-800倍液，或25%解霉可湿性粉剂600-800倍液，7天喷1次，连续喷2-3次，烟熏法同白粉病。也可以每667平方米用6.5%万霉灵粉尘1千克喷粉，7天喷1次，连喷2次。药剂轮换使用。
三、霜霉病
发现中心病株后用72%退霜可湿性粉剂600-800倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，或40%乙磷铝可湿性粉剂200倍液，或64%杀毒矾400倍液喷雾，7-10天喷1次，视病情发展确定用药次数。还可用糖氮液，即红糖或白糖1%+0.5%尿素+1%食醋+0.2%乙磷铝，7天喷叶面1次，烟熏法同白粉病。也可以每667平方米用5%百菌清粉尘1千克喷粉，7天喷1次，连喷2-3次；
四、蚜虫
用10%吡虫啉或抗虱丁可湿性粉剂1000倍喷雾，或用定击、绿园虫必克1000-1500倍液喷雾，喷洒时应注意叶背面均匀喷洒；保护地还可选用杀蚜烟剂，每667平方米400-500克，分放4堆，用暗火点燃，密闭3小时。
五、白粉虱
用虫必克、抗虱丁、吡虫啉、啶虫脒、定击1000-1500倍液喷雾。