设施栽培是露天种植产量的3.5倍，发展设施农业是解决我国人多地少制约可持续发展问题的有效技术工程。但近年来设施栽培化肥使用不合理不科学问题突出，不仅造成资源浪费，还影响果蔬品质。为加快推广设施番茄有机肥替代化肥技术模式，普及科学施肥技术，提高肥料使用效率，促进有机肥施用到田，农业农村部种植业管理司会同全国农业技术推广服务中心、农业农村部科学施肥专家指导组特制定本意见。
“有机肥+配方肥”模式
（1）基肥
移栽前，每亩施用猪粪、鸡粪、牛粪等经过充分腐熟的优质堆沤有机肥3-4方，或商品有机肥（含生物有机肥）350-400公斤，同时施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤。
（2）追肥
在苗期、开花坐果期、果实膨大期，每次每亩施用（15-5-25或相近配方）的配方肥6-10公斤，分7-10次随水追施。根据收获情况，每收获1-2次追肥1次。
“菜—沼—畜”模式
根据沼气发酵技术要求，将畜禽粪便、秸秆、蔬菜残茬等有机物料投入沼气发酵池中，进行发酵和化处理，后经干湿分离，分沼渣和沼液施用。沼液采用机械化或半机械化灌溉技术直接入园施用，沼渣于秋冬季做基肥施用。
（1）基肥
每亩施用沼渣3.5-5方，或猪粪、鸡粪、牛粪等经过充分腐熟的优质堆沤有机肥3-4方，或商品有机肥（含生物有机肥）350-400公斤，同时施用（14-16-15或相近配方）的配方肥40-50公斤。
（2）追肥
在苗期、初花期，分别施用沼液每亩0.5-1方。在坐果期和果实膨大期，每次每亩施用沼液0.5-1方、（15-5-25或相近配方）配方肥5-8公斤。每生长季施用5-8次。
“有机肥+水肥一体化”模式
（1）基肥
移栽前，每亩施用猪粪、鸡粪、牛粪等经过充分腐熟的优质堆沤有机肥3-4方，或商品有机肥（含生物有机肥）350-400公斤，同时施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤。
（2）追肥
定植后前两次只灌水，不施肥，灌水量为每次每亩15-20方。苗期建议每次每亩施用（20-10-20或相近配方）水溶肥3-5公斤，每隔5-10天灌水施肥一次，灌水量为每次每亩10-15方，共3-5次。开花坐果期和果实膨大期每次每亩施用（19-8-27或相近配方）水溶肥2-3.5公斤，灌水量为每亩5-15方，每隔7-10天一次，共10-15次。注意秋冬茬前期（8月至9月）灌水施肥频率较高，而冬春茬在果实膨大期（4月至5月）灌水施肥频率较高。
“秸秆生物反应堆”模式
（1）秸秆生物反应堆构建
晚秋、冬季、早春建内置反应堆，如果不受茬口限制，尽量在作物定植前10-20天做好，浇水、打孔待用。晚春和早秋可现建现用。
行下内置式反应堆：在定植行位置，挖一条宽70厘米、深20厘米的沟，把秸秆填入沟内，铺匀、踏实，填放秸秆高度为30厘米，两端让部分秸秆露出地面，把150-200公斤饼肥和用麦麸拌好的菌种均匀地撒在秸秆上，再用铁锨轻拍一遍，让部分菌种漏入下层，覆土18-20厘米。在行间浇大水湿透秸秆，水面高度达到垄高的四分之三。浇水3-4天后，在定植行上用14#钢筋打3行孔，行距20-25厘米，孔距20厘米，孔深以穿透秸秆层为准，等待定植。
行间内置式反应堆：在行间，挖一条宽度为50-60厘米、深15厘米的沟，将土培放垄背上，或放两头，把提前准备好的秸秆填入沟内，铺匀、踏实，高度为25厘米，两端让部分秸秆露出地面，把用麦麸拌好的菌种均匀地撒在秸秆上，再用铁锨轻拍一遍，让部分菌种漏入下层，覆土10厘米。浇水湿透秸秆，然后及时打孔即可。
注意事项：
一是秸秆用量要和菌种用量搭配好，每500公斤秸秆用菌种1公斤。
二是浇水时不要冲施化学农药，特别要禁冲杀菌剂，但作物上可喷农药预防病虫害。
三是浇水浇行间，浇水后4-5天要及时打孔，用14#钢筋每隔25厘米打一个孔，要打到秸秆底部，浇水后孔被堵死要再打孔，地膜上也要打孔。每次打孔要与前次打的孔错位10厘米，生长期内保持每月打一次孔。
四是减少浇水次数，一般常规栽培浇2-3次水的，用该项技术只浇一次水即可。有条件的，用微灌控水增产效果更佳。在首次浇水湿透秸秆的情况下，定植时不要再浇大水，只浇小缓苗水。
（2）基肥
每亩施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤，施用方式为穴施。
（3）追肥
在苗期、开花坐果期、果实膨大期，每次每亩施用（15-5-25或相近配方）配方肥6-10公斤。施用7-10次。根据收获情况，每收获1-2次追肥1次。（来源：全国农技推广）