前些年，国家一直提倡秸秆还田，为了所谓的环保，在一些专家的建议下，一纸文书，将秸秆还田作为一项硬性规定来执行，百姓也确实贯彻实施了。虽然秸秆还田逐步被人们接受，但在接受过程中也发现很多秸秆还田的弊端，然而奇怪的是，当面对这些问题时，专家却集体失声，闭口不谈。
秸秆还田实施的理由很多，减少焚烧的污染和还田后增加土壤的肥料应该是更重要的，但是近年来这些理由是否属实引起了大家（尤其是农民朋友）的怀疑。怀疑的原因都是在切实的实践过程中总结的，大致有以下几点：
1、污染方面
当时说了还田会减少污染，但秸秆在粉碎过程中会产生大量粉尘，漂浮在空气中，随着风力传播，如果在晴朗干燥的天气，这种情况更为严重，会造成另外一种污染。
2、增肥方面
秸秆中确实含有很多有机质，可以增加土壤的养分，但这个的前提是“秸秆腐烂后”，这是个过程，但在秸秆腐烂之前我们还有其他要面对的。
3、病虫害
秸秆中，尤其是玉米杆中，含有大量的幼虫卵和带菌体，粉碎过程中很难清理，被埋入土壤后能很快成长，成为病虫害的一种隐患，这些年病虫害的加重可能也有这方面的因素。
4、减产
秸秆还田后，会被翻到土壤下面，虽然专家们说的秸秆粉碎程度都是3.5厘米以下，但现实操作中根本无法达到这个粉碎标准，被埋入土壤后会有很大的空隙存在，就使得下一茬的种子出现空置、接触不到土壤等情况，必须立即灌溉，使种子和土壤尽快接触，否则，一旦出现干旱天气，就会出现“死种”现象，这样做会加大成本。
5、土壤微生物
秸秆还田如果量过大或翻入土壤不均匀的话，易发生土壤微生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。
我们并不是反对秸秆还田，因为我们也希望减少污染，但是如果秸秆还田真的出现了弊端，我们的选择不应该是逃避，而是面对才对，怎么样在秸秆还田的同时真正解决农民遇到的问题也是刻不容缓的事情，因为秸秆还田是全国性的，波及范围太广。