番茄病害种类很多，整个生育栽培期均有发生，其中需要重点防治的就是苗期病害。
番茄苗期主要病害
猝倒病
猝倒病多于苗床前期发生，幼苗子叶消耗殆尽而新根仍未扎实时易发病；患病幼苗基部初呈现水渍状病斑，后变褐缢缩，倒伏死亡，湿度较大时产生白色絮状菌丝。
苗床连续低温、高湿是该病发生的主要条件，雨水较多或灌溉不合理会导致病菌蔓延和再侵染。苗床光照不良，通风透气较差也会加重该病的发生。
立枯病
刚出土的幼苗和大苗均可受害，尤以中后期为主，病苗茎基部变褐色，后病部收缩细缢，茎叶萎垂枯死。稍大病苗或定植后5~10天，病苗茎基部产生暗褐色椭圆形病斑，病株白天萎蔫，夜间复原。
病斑逐渐凹陷，并继续扩展，绕茎1周后茎基部缢缩变细，地上部的茎叶萎蔫干枯，不倒伏，呈立枯状。定植后发病，湿度大时组织腐烂，病部产生淡褐色蛛丝状霉层，后期形成菌核。
猝倒病和立枯病的区别
病状：较显着的特点是立枯病是站着死。而猝倒病是幼苗猝倒而死。立枯病开始产生椭圆形不规则的暗褐色病斑，后来病斑扩大，绕茎一周，病部溢缩，叶子萎蔫枯死。
病症：将立枯病苗拔起，潮湿时可看到浅褐色蛛丝网状的霉，而猝倒病的病菌是白色絮状物。
发病时间：猝倒病一般发生在幼苗前期，刚出土的幼苗发病较多；立枯病发生较晚，一般在出苗经过一段时间生长之后发生。
发病温度：15℃左右易引发猝倒病。立枯病发病适宜温度为20℃。
茎基腐病
幼苗发病后，首先茎基部变褐，随后病部收缩变细即发生缢缩现象，进而中上部茎叶逐渐发生萎蔫下垂和枯死。
发病苗白天萎蔫，夜晚可恢复，数日后，当病斑环绕茎一周时，幼苗便逐渐枯死，不倒伏。（根系不腐烂）
生理性沤根
沤根属于番茄苗期的生理性病害（非侵染性病害），并非由病菌造成。造成该病的原因主要有苗床温度过低、湿度过大、光照不足。常导致番茄幼苗不发根，根部变褐腐烂，地上部分萎蔫。加强苗床管理是防治该病的重要措施。
番茄苗期病害还有灰霉病、早疫病、晚疫病、根腐病等。多为苗期带病，后期大面积发生，在种植时应引起重视。夏秋季节温度超过35℃时间长，还容易引起高温障碍，会造成花芽分化不良，需控温降温。
番茄苗期防治要点
一、因地制宜地选择和培育抗病品种
不同地区可根据当地农业技术中心的推荐及历年的生产经验，选择合适的主栽抗病品种。
二、加强苗床管理
1.精选苗床地选择地势较高不易积水、通风、平坦、向阳的地块作为苗床地，不利于各类病菌的侵染与传播。
2.土壤消毒苗床选用新床土，若用旧床土进行土壤消毒，减少土壤中的病菌。土壤消毒可选用多菌灵（防治灰霉病）、菌核净（防治立枯病）、精甲霜●锰锌（防治卵菌导致的猝倒病）等。
3.控制田间温湿度温度过高可利用遮阳网、降温剂、浇水、增加通风量等措施降温。在田块上撒施草木灰，一方面可以调整土壤酸性；另一方面可以降低土壤湿度，保持土壤温度。苗期合理灌水，不可漫灌、串灌、过度浇灌。
4.保持田园卫生及时清理田间杂草及感病幼苗。
5.栽培措施防病建议使用营养钵或穴盘育苗，苗床育苗注意播种不要过于密集（播种密集易导致病菌传播侵染）。精选种子，精细播种，盖土不可过厚，建议催芽播种。及时间苗，分层上土。合理施肥，不可偏施氮肥，注意增施磷钾肥，施用农家肥要充分腐熟。
三、种子处理，选用无病种子
1.番茄播种前可用温水（55℃左右）浸种15分钟，可对种子上的病菌有一定的控制作用。
2.药剂拌种：药剂选择要注意兼防真菌与卵菌病害，可选择恶霉灵、多菌灵、甲霜灵、代森锰锌、菌核净等药剂按照说明使用。
四、药剂处理
药剂选择主要是多菌灵、百菌清、瑞毒霉（甲霜灵）、代森锰锌、恶霉灵、菌核净、灰霉净、敌克松、普力克等。
五、生物防治
黑土传奇+一用闲
拌种：黑土传奇100ml+一用闲100ml兑水100ml均匀搅拌。
苗床喷施：黑土传奇100ml+一用闲50ml兑水15-20公斤均匀喷雾。
苗期喷施：黑土传奇100ml+一用闲50ml兑水15-20公斤均匀喷雾。
果期喷施：黑土传奇100ml+一用闲100ml兑水15-20公斤均匀喷雾。
灌根/滴灌：黑土传奇+一用闲兑水稀释300倍液。