红薯病毒病发生的内因是种薯带有病毒，外因是不良的气候与栽培条件。因此，防治红薯花叶病毒病，需从内外两方面下功夫：
1、更新良种，改用脱毒、抗毒(或耐毒)红薯优良品种。
2、对脱毒红薯种单独育苗、单独栽插、单独收获、单独贮藏;在红薯生长期要加强对可传播红薯病毒病的蚜虫、烟粉虱等害虫的防治，避免脱毒种薯再次感染病毒。
3、未更换良种的农户，必须选健康种薯育苗;育苗过程中发现花叶苗，及时将整株种薯拔除;栽插时挑选健壮薯苗栽插;插至大田后发现病苗及时拔除。
4、通过精细整地、高垄栽培，增施钾肥、平衡施肥，浇水抗旱、覆草保墒等农业措施，改进栽培管理技术，增强红薯抗病能力。