为什么要进行土壤消毒呢？因为在作物种植过程中，特别是重茬种植，土壤状况不断恶化，三大问题特别突出，一是土壤中病原菌不断积累，土传病害日益加重，直接导致作物烂根、死棵、甚至绝产。二是随着化肥大量使用，土壤盐渍化问题严重，导致作物根系不发达，黄叶早衰，品质变劣，产量大幅度降低。三是连作引起自毒物质积累，作物长势差，衰败早。
土壤存在的这些问题，通过一些农艺措施或物理措施能得到有效缓解或解决，如种植抗病品种、部分蔬菜采取嫁接技术可以高抗土传病害、轮作换茬可以减少病原菌的基数、增施生物菌肥和有机肥能减轻土传病害和盐渍化的发生等。
各地大棚施肥习惯不同，种植作物不同，土传病害和盐渍化的种类、程度也不同，因此要因棚制宜，区别对待，采取适宜的措施加以解决。
一、对于1-2年新建成的大棚，土传病害和盐渍化问题不突出，可以采取增施有机肥和生物菌肥，结合深翻地的措施。可每亩施用优质腐熟鸡鸭肥10-20方，诺莱仕、三炬微生物菌肥100公斤。定植时，可采用药剂穴施和蘸盘，如阿米西达、金雷等蘸盘，穴施生物菌肥等，可大大减少烂根死棵现象。
二、3-5年的大棚，一般土传病害和盐渍化中等发生，蔬菜烂根和黄叶早衰现象不同程度发生。这样的大棚单纯依靠生物菌防治烂根死棵效果较差，应该多措并举，综合预防病害的发生，如高温闷棚结合氰胺化钙、棉隆等熏棚，能有效预防多种土传病害的发生。同时结合嫁接和抗病品种，预防死棵的效果会更好。土壤盐渍化要减少化肥用量，增施有机肥，进行轮作换茬或种植一茬绿肥作物（如苜蓿、菠菜、玉米等），必要时采用大水压盐措施。
三、5年以上的大棚，连作障碍有的已比较严重，尤其是10年左右的，常有黄叶、早衰、烂根、死棵现象，伴有土层表面有白色或红色或绿色物质。此时使用常规方法消除盐渍化和土传病害效果较差，往往事倍功半。解决盐渍化首先要深翻地，起垄作畦，然后灌大水，通过水的淋溶作用将盐带入土壤深层，每年一次。结合轮作换茬、增施有机肥、大幅减少化肥用量，效果会更加突出。土传病害十分严重的，要使用棉隆、溴甲烷等熏蒸消毒，结合金雷或嘧菌酯蘸盘和灌根各一次，烂根死棵现象会得到有效控制，老大棚重新焕发生机活力不是不可能的。