辣椒霜霉病主要危害叶片、叶柄及嫩茎。多雨季节，当气温在20-24℃时，发病较重。相对湿度要求在85%以上。阴雨天气多、灌水过多或排水不及时，田间发病均重。
防治辣椒霜霉病，要早防早治，尽量采取综合防治的策略。
①农业防治：选用抗病品种，实行两年以上的轮作。病残体集中烧毁。配方施肥，合理密植。通过调控棚室内温湿度，缩短结露持续时间，可控制该病发生。11月至翌年2月保护地温度10-25℃，湿度在75%-90%时易发病，常采用通风散湿提高棚室温度防止发病，当晴天上午温度升至28-30℃时，进行放风，温度控制在22-25℃，可降低湿度。
②化学防治：预防辣椒霜霉病时可结合其他病害的防治注意喷施保护剂进行预防。可选用72%霜脲氰-锰锌可湿性粉剂800倍液、90%三乙膦酸铝可湿性粉剂500倍液、60%琥-乙膦铝可湿性粉剂500倍液、50%氟吗啉-锰锌可湿性粉剂2000倍液、68%精甲霜灵-锰锌水分散粒剂800-1000倍液、53%甲霜灵-锰锌水分散粒剂600-800倍液、20%苯霜灵乳油300倍液加75%百菌清可湿性粉剂600-1000倍液、72.2%霜霉威水剂800倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂600-1000倍液、25.75%多抗-福美双可湿性粉剂1000-1500倍液、60%琥-铝-甲霜灵可湿性粉剂600-800倍液或75%百-福-福锌可湿性粉剂800-1000倍液等药剂喷雾，视病情隔5-7天喷一次。
辣椒霜霉病发病普遍时，可采用下列杀菌剂或配方进行防治：50%烯酰吗啉可湿性粉剂2000倍液加70%代森联干悬浮剂500倍液、68.75氟菌-霜霉威悬浮剂1000倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液、25%甲霜-霜霉威可湿性粉剂700倍液加75%百菌清可湿性粉剂500倍液、10%氰霜唑悬浮剂1000倍液加50%克菌丹可湿性粉剂800倍液、72%霜脲氰-锰锌可湿性粉剂500倍液、70%丙森锌可湿性粉剂500倍液、60%唑醚-代森联水分散粒剂1000-2000倍液或70%呋酰-锰锌可湿性粉剂600-1000倍液等药剂，在下雨前进行茎叶喷雾防治（重点喷果），视病情隔7-10天喷一次。
保护地栽培时还可以使用45%百菌清烟雾剂250克/亩、20%百-福烟剂250-300克/亩或20%锰锌-霜脲烟剂250-300克/亩。傍晚封闭棚室，将药分放于5-7个燃放点，烟熏过夜或喷撒5%百菌清粉剂l千克/亩。间隔7-10天用一次药，与喷雾防治交替进行。