一般而言，棉花烂铃的主要原因是由于棉花在生长期间施用过多的肥料，引起棉花植株生长过旺，棉花的抗病力相对下降造成棉花烂铃烂桃的现象；棉花烂铃因为雨水和田间的湿度过大造成病菌滋生，雨水在铃壳表面形成水膜，病菌会借助水膜产生分子，通过气孔渐渐传入棉花铃壳，使得棉花铃壳的纤维细胞组织受到破坏，形成棉花烂铃的情况。
棉花烂铃的病菌会渐渐产生分生孢子在适宜的环境水分条件下，在棉铃上萌发生长出菌丝，侵染棉铃组织造成棉花烂铃。棉花烂铃的原因是由于棉铃虫蛀入棉铃，形成棉铃蛀孔，而且冲孔内积灰产生大量的病菌，使得棉花烂铃更为严重。
为了及时控制棉花烂铃的现象，应采取积极有效的措施防治棉花烂铃。农业人员应对棉花进行加强管理，将棉花种植于通风良好、保水保肥、排灌方便的沙质壤土中，更有利于棉花的生长发育，增强棉花自身的抗病性。
加强棉花间肥水的管理，因为棉花烂铃，进行调节棉花的结铃期和结铃部位，可以减少棉花烂铃。棉花烂铃进行及时的整枝，能改善棉田的通风透光的条件，可以减少棉花烂铃养分的消耗，更有利于棉花增桃，增加棉铃重，促进棉花早熟，减少棉花烂铃。
农业人员及时选用药剂防治棉花烂铃，选用药剂喷洒用2.5%多菌灵600倍液或50%托布津1000倍液喷雾可有效防治棉花烂铃的病害，可以有效的防治棉花烂铃。