采取药剂防治芦荟病虫害是重要措施之一，该措施需要掌握好关键期，对茎枯病等芦荟病虫害应该抓住感染病害初期进行，确保母茎萌发到成熟之前这段极易感染病害期不受病害危害：对害虫需要抓住幼虫孵化高峰期到幼龄期进行。
在清园之后，幼茎刚生长出时就开始喷施药剂芦荟茎枯病，喷施药剂需要坚持到茎叶老化。药剂应该时常的轮换应用，不长期应用同一种药剂，以避免产生抗药性而使药效下降。
1、芦荟母茎生长期：
适宜选择使用高效低毒害少残留的农药，比如有大生M-45可湿性粉剂或是六十五的好生灵可湿性粉剂或是七十的甲基硫菌灵可湿性粉剂或五十多菌灵可湿性粉剂500到600倍液茎枯病及褐斑病；消灭害虫需要在幼虫1到2龄喷施药剂，可使用五的抑太保乳油1000到1500倍液、或是十的氯氰菊酯乳油1000倍液添加少许乐果、或是二点五的溴氰菊酯乳油600到800倍液混合敌百虫或是安打3000倍液夜蛾科害虫：使用十的大功臣1000倍液或是十的吡虫啉可湿性粉剂1500到2000倍液可以有效消灭蚜虫及蓟马；产生螨类及红蜘蛛虫害可以使用杀螨特乳油1000倍液喷雾。
2、芦荟采收期：
应该推行生物，可以施用十二的敌力康1000倍液或是三的克菌康800到1000倍液等生物制剂茎枯病；使用菜硕星600到800倍液、或是白僵菌或苏云金杆菌1000倍液、或是米满1500倍液斜纹夜蛾等蛾科害虫；使用阿维菌素类生物农药蚜虫及蓟马。