巴西科学家越来越担忧大豆锈病正在形成杀菌剂抗性。目前，在巴西用于防治锈病的农药具有三种作用模式，而该疾病可对具有不同作用模式的农药形成多重抗性。大豆锈病在过去四个种植季并未成为巴西农户的重大病害，但是随着杀菌剂失去效用，情形将会改变。
部分原因在于，在种植二茬大豆时，大豆种植季延长。在巴西有些地区，在9月至来年6月这段时期，田间一直有大豆生长。这为疾病针对施用的多种杀菌剂发展抗性留下了充裕的时间。另外，许多巴西农户仅使用具有一种作用模式的农药，加剧了抗性形成。
Embrapa科学家ClaudiaGodoy表示，疾病对不同杀菌剂正变得不那么敏感。原来可以达到90%病害防治效果的一些农药，当前的效用降低到20%至40%。在糟糕的情形下，一些农户不得不在种植季加大喷施力度，数量多达十次，如此才足以控制病害。他们未听从科学家的建议，轮换施用农药来抵抗锈病。多次施用一种农药也可以加速形成抗性。科学家担心一些农药在短短两年内将完全失去防病效果。他们预料到了杀菌剂效用的丧失，但疾病形成抗性的速度超出意料之中。当该疾病2000/01年种植季首次出现在巴西时，防控方法未起到任何作用，自此之后，科学家和农户才发现了有效的方法。
然而，随着农药渐失效用且近期未上市新的农药，科学家担心病害会变得更严重。这也是他们为何推动取消二茬大豆种植、延长无大豆期的一个原因。马托格罗索州的二茬大豆种植始于2015/16年种植季并将先行在巴西取消，巴拉那州等其他州还悬而未决。缺乏作物轮作让病害更加难以防治。在马托格罗索州，种植的一茬作物几乎为单一的大豆，所有的玉米几乎作为二茬作物种植。巴拉那州也为单一的大豆种植州，在2015/16年种植季，该州多达90%的一茬作物为大豆，农户将更多的玉米作为二茬作物种植。作物轮作功效的下降令科学家极为担忧。