农用有机硅表面活性剂对植物有一定的毒性，对生物膜破坏作用的结果。它对环境的危害方面根据现在的调查数据显示，他跟一般的助剂没有什么差别。
1，药害
由于有机硅表面活性剂会进入介质与组织密切接触，气孔渗透是药害产生的一个方面。利用浸渍在表面活性剂溶液中的甜菜根组织渗透出的β-花青色素，可测试天生的细胞毒性。测试结果表明，有机硅表面活性剂的细胞毒性比脂肪胺及两种乙氧基烷基酚类表面活性剂的细胞毒性低。
草甘膦加入脂肪胺和乙氧基醇类的表面活性剂使用时，在白茅叶表出现药害症状;而用有机硅表面活性剂，即使有很多的沉淀物在叶上，也看不到药害症状。对蚕豆和常见的藜同样施用各种不同代号的有机硅表面活性剂，亦没有发现药害。
有机硅表面活性剂对植物是温和的，总体上是有益的，关键是喷雾制剂的药害。所以，为充分发挥有机硅表面活性剂的功效，须对农药制剂进行优化。
2，危害
一般来说，有机硅表面活性剂并不比大多数农药有更多的危害。
毒理学资料表明，吞入有机硅也许与预计的结果完全相反。可以设想，这是由于有机硅在胃内的酸性环境和接下来在肠道的碱性环境中迅速降解的结果。
由于有机硅表面张力极低，所以在使用有机硅表面活性剂时，应保护好眼睛。同理，有机硅表面活性剂进入水中对鱼高毒，因表面张力降低使鱼鳃功能受损。有机硅渗透力强，表皮毒性高，与皮肤接触可能有刺激性，故作业时要穿好标准防护服。由于有机硅表面活性剂有可能渗透防护服，故这方面的毒害比常规表面活性剂高。
3，环境
尚未见到有机硅表面活性剂环境研究方面的专门报道。根据对各种农药研究，有机硅表面活性剂在这方面与其它助剂没有什么差异。
总之，有机硅表面活性剂代表了一类新型、高效的农药助剂，应用前景十分广阔，远远超出目前所开拓的领域。以发展的眼光看，今后农药助剂用有机硅表面活性剂应注重作用机理的探索。深入研究助剂分子与农药有效成分及有机体(虫体、植物体表、菌体等)之间的相互作用，将为开发应用新型、高效的有机硅表面活性剂提供可靠的理论依据;不同的农药、不同的剂型对有机硅表面活性剂有不同要求，总的说来至少应具备以下特点:对原药不分解;能大大降低制剂表面张力;对水、酸、碱、盐、热稳定;对作物无药害。因此，须全面优化制剂配方，以限度提高有机硅表面活性剂的功效，并减少不良影响。