现在市场上农药、化肥的品种非常繁多，并且性质各异。农药有粉剂、液剂的，而化肥又有挥发易爆炸的特点。所以一旦将两者放在一个仓库内，随着温度的变化，就会引起化学作用，轻则肥药失效，重则引起爆炸或中毒。当今农村，许多农民朋友把农药化肥买回来，一般都存放在一间屋子里，这是不科学的。化肥与农药混存会产生许多不良后果。
一、容易使农药分解失效。农药大多数呈中性或酸性，遇碱会发生化学反应。而当前使用数量比较大的碳酸氢铵则为碱性肥料，这种肥料在贮存时易挥发出氨气，再与潮湿的空气结合形成碱性物质，致使农药分解失效或破坏理化性状，造成结团结块，降低农药药效。
二、容易引起爆炸或燃烧事故。硝酸铵也是农村常用的化肥品种之一，它在日光暴晒、撞击或高温下会发热，自燃爆炸。一旦遇到易燃物以及农药如乐果等也会发生燃烧现象。如果化肥和农药堆放量多时，效果将更严重。
三、腐蚀农药包装。如过磷酸钙等酸性肥料在储存时，会挥发出游离酸，使室内潮湿空气呈现出酸性状态，造成农药的包装腐蚀霉烂，导致搬运困难，施用不便，且增加中毒机会。
另外，因有些化肥和农药品种的外形很相似，若将两者放在一块，在施用时很容易拿错而引起人畜中毒事故的发生。
因此，农药与化肥不能放在一起，也不能和石灰、烧碱、煤油、汽油等同室而藏，为防意外事故发生和保持农药化肥作用，务必分开存放，做到包装保持完好，无标签的贴上标签，专人保管。