专家调查结果表明，近两年来的四月雨水和风多一些，棉茬小麦出现不同程度倒伏，导致产量和品质下降。究其原因，除了田间渍水外，很大程度上与前茬棉花施肥料较多有关。现在生产上多选用杂交棉或杂交抗虫棉品种，农民增加了肥料用量，特别是花铃肥用量。棉花收获后土壤中仍有许多肥料没有被吸收利用，小麦播种后如果底肥用量过大，很容易造成后期倒伏。施肥较多的棉田，秋季播种小麦时底肥不宜过多。
一般每生产50公斤小麦，需施纯氮1．5公斤、五氧化二磷0．5～0．75公斤、氧化钾1．5～2公斤，氮磷钾施用比例大致为3∶1∶3。目标产量提高，施肥量相应增加。棉花收获后播种小麦的，底肥用量占总施肥量60%～70%，以有机肥为主，配施适量化肥。每亩需施腐熟有机肥1000～1500公斤、尿素10～15公斤或碳酸氢铵25～40公斤、过磷酸钙25公斤、氯化钾7．5公斤。有机肥在耕翻时施入，整地前施化肥，磷钾肥与有机肥混合施用，氮肥在整地前施用。棉田套种小麦的，氮磷钾化肥在整地前混合施用，或直接施用氮磷钾复合肥，肥料用量比棉花收获后播麦的减少30%～40%。不能用碳酸氢铵作底肥，以防冬季温度偏高时小麦提前拔节。