微生物菌肥使用方法
一、育苗时开始使用效果
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
育苗用菌建议同时使用芽孢杆菌类的复合菌剂和木霉菌剂：复合菌剂5克+木霉菌2克/穴盘。
二、定植穴施或沟施
穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物菌剂：蔬菜亩用量2-3公斤，葡萄每株用量50-100克。
三、混拌底肥、有机质旋耕进土下
若次使用微生物菌肥，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
四、作物生长期
灌根和喷叶，若作物发生早衰现象，可用菌剂灌根。（不过中后期灌根，浪费多，作用差）
使用时需避免
一、避免开袋后长期不用
开袋后，其他细菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
二、避免在高温干旱条件下使用
在高温干旱条件下使用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖会受到影响，不能发挥良好的作用。
三、避免与未腐熟的农家肥混用
与未腐熟的农家肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥，同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
四、避免与农药同时使用
化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
五、避免在阳光直射下使用
紫外线（波长240-280nm）对微生物菌有较强的杀菌作用，尤其是波长253.7nm杀菌作用强，一般紫外线几秒钟就可达到杀菌效果。
使用常见误区
1、为图方便，习惯与化学农药混用，降低活性
微生物肥料种含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
2、贪图省钱，轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形株成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
3、使用方法和时间掌握不当
微生物肥料使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为了更好的发挥微生物肥料的效果，避免单一的方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。