复合水溶肥生产成本一般要高于等养分的常规复合肥，要求各种原料都是全水溶性的，因此材料比较贵些。液体水溶肥的生产环节虽然少于常规复合肥，但其储存、运输和施用都需要专门化的设备，成 本也较高。例如，为了防止低温季节溶液冷却时可能产生结晶与沉淀，液体肥贮存和运输需要先进的、费用高的设备。所以水溶肥价格普遍要高于等养分大化肥产品。
在农田应用上，这类肥料的施用途径与大化肥不尽相同，一般都是与灌水相结合，通过不同灌溉方式将肥料和灌溉水一体化施到根围土壤或作物叶面。根据灌水方式的不同，施肥又可分为冲施肥、喷施 肥、滴灌肥等。固态水溶肥的施用，先溶解并配成混合溶液，再进行灌施或喷施。液体水溶肥需装备有管道、贮罐、施肥机等配套设备，肥料很易溶入灌溉水中，既可喷灌和滴灌，也可兑水稀释后直接 作叶面肥喷施。
水溶肥的优点：其一，采用水、肥同施，以水带肥，实现了水肥一体化，施肥效率高，并可以减少施肥总量，发挥肥水协同效应，使肥和水的利用效率都明显提高。其二，肥效快，可解决高产作物快速 生长期的营养需求。
水溶肥的缺点：其一，水溶肥料价格普遍较高，不利于普及。其二，性强，难以在土壤中长期保存。用肥量要严格控制，如果单次使用稍多，就会造成肥料流失，既降低施肥的经济效益，达不到高 产优质高效的目的，还会造成水环境的污染，不利于可持续发展。
在应用方面，水溶肥的施用关键要掌握适时适量水肥结合的原则，而目前业内对不同栽培制度下的灌溉施肥技术和主要作物生长过程中的营养需求规律，合适的施肥时期、施肥数量等研究都较少。从市 场营销现状看，有的企业为了促销，将水溶肥产品性能和适用范围盲目扩大或作片面宣传，这对于消费者会起误导作用。