施用含锌肥料应因地而异，因作物而异。缺锌的地块和对锌较为敏感的作物施用含锌肥料效果较好。一般来说，当土壤有效锌含量低于0.5毫克/公斤时，施用含锌肥料增产效果显著；当土壤有效锌含量高于1.0毫克/公斤时一般不需要再施用含锌肥料。对锌敏感的作物有玉米、高粱、大豆、棉花、番茄、马铃薯、圆葱等。
含锌肥料是微肥，作物对它的需要量较少。施用含锌肥料量过大会对作物产生毒害作用或影响人畜健康。含锌肥料作基肥时，根据土壤缺锌程度不同，一般每亩施硫酸锌0.5-2公斤。作追肥时每亩用硫酸锌0.75-1公斤，掺适量细土撒施。根外喷施，每亩用硫酸锌90-180克，兑水60公斤，于晴天喷施。
不要与磷肥同时施用。因锌与磷肥混合施用易形成磷酸锌沉淀物，不仅降低锌的有效性，而且也降低磷肥的有效性。
不要与碱性肥料、碱性农药混用。含锌肥料与石灰、草木灰、氨水等碱性肥料混合会发生化学反应而降低肥效。同样，含锌肥料与波尔多液、石硫合剂、松脂合剂等碱性农药混合，锌和农药的有效性均随之下降。