微量元素肥料主要是无机盐类或氧化物，一些矿物、冶金的副产物或废料，常常可以用做微量元素肥料的原料，其生产方法与无机化工产品的生产方法相同。
由于单位面积的施用量很小，所以一定要用大量惰性物质稀释后才能施用，施用不均匀时会毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用，通常采用两种方法：一种是在生产常量颗粒肥料中混入。这种方法比较方便、经济，不会产生养分不均匀现象，缺点是灵活性较差，难以满足市场的多种要求；另一种是把微量元素肥料粉末涂包在常量颗粒肥料的表面。这个步骤在二次加工厂进行，可随时满足市场的需要。
微量元素肥料施用方法有土壤施用和叶面喷施两种。
土壤施肥：常用的微肥除化学肥料外（如硼砂、硫酸锌、硫酸锰等），还有玻璃肥料、矿渣或下脚料，通常都用做基肥或种肥。其施用方法为：在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起，均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大。
根外追肥：将可溶性微肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施。这种方法的优点是避免土壤中肥料不均匀造成危害，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次喷施，以提高肥效。
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