微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，要注意使用条件，严格按照说明书进行，否则难以获得良好效果。
1.微生物肥料对土壤条件要求比较严格。一般微生物肥料中的微生物在土壤温度为18℃~25℃时活动较为活跃，15℃以下时活性开始下降，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，微生物肥料使用注意土壤温度，土壤湿度。
2.注意施肥时期。微生物肥料施入土壤后，微生物需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般在15天后可发挥作用。如果作追施，在作物的营养临界期前施用。施用时间适宜在清晨和傍晚或无雨阴天，这样可避免阳光中的紫外线将微生物杀死。避免在高温、干旱条件下使用。
3.微生物肥料不能长期泡在水中，在水田施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好氧型微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。
4.微生物菌剂在施足有机肥基础上效果佳。如果土壤中的有机质供应充足，菌剂中微生物就会大量繁殖，抑制有害菌。反之，微生物就会因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有机肥。
5.微生物肥料可单独使用，也可与其它肥料混合使用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用，否则会因农家肥发酵产生的高温杀死微生物而影响肥效。此外，避免与过酸、过碱的肥料混用。
6.避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不要将微生物肥料与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及草木灰混合用。不用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。
7.微生物肥料不宜久放。拆包后要及时施用，注意产品保质期。
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