随着人们对环境问题的重视，微生物农药作为绿色无污染的农药进入人们视线。虽然说微生物农药是绿色无污染的，但是使用的时候也是有一些注意事项的。
要避免施用时温度过低。
有些农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温较高的天气条件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，故没有达到预期的防治效果。这是因为，生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25-30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10-15℃之间的高出1-2倍。
第二要避免在干燥的天气下施用。
如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温干燥的天气条件下施用，效果都不佳。这主要是因为环境湿度不够所致。因此，选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
第三要避免强太阳光。没有避开高温、强太阳光的中午施用，引起药效下降。
微生物活体农药，怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天施用，发挥效果更好。
第四要避免施用后遭大雨冲刷。
芽孢怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后（5-6小时后）遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防效作用，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间。
第五要避免与杀菌剂混用。
如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀虫剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。