微生物农药对于作物是有着非常好的效果的，同时微生物农药的重视程度也越来越高，在使用时一定要注意施用误区，耽误了微生物活体的效果。
、温度太低时施用微生物农药是错误的施用方法。很多农民朋友在施药时对于环境因素的影响并不了解，并没有挑气温高的天气施用，而选在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，所以没有达到预期的防治效果。这是因为，生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25℃～30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在 10℃～15℃之间的高出1到2倍。
第二、天燥天气不适宜发挥微生物农药的作用。如晴天上午十点钟到下午四点钟前等高温干燥的天气条件下施用，农户反映效果很差。这是由于环境湿度不足引起。如白僵菌，作为真菌杀虫剂，制剂主要含白僵活孢子，施用后通过直接接触虫体，或在用物上被害虫吃入消化道，在适宜的条件下孢子萌发，在虫体内繁殖，产生白僵菌素等，导致害虫缓慢死亡。死亡虫体上的菌丝和分生孢子，通过接触或借助于气流又传播至其它健康虫体上侵染，从而造成流行，引起大量个体死亡。落入土壤的白僵菌还能在土壤中越冬，第二年再侵染虫体，继续起杀虫作用，后效明显。因此，选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
第三、强烈太阳光下使用也是错误方法之一。没有避开高温、强太阳光的中午施用，引起药效下降。微生物活体农药，怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天使用，效果会大大发挥。
第四、不要在大雨前施加微生物农药，艰过大雨冲刷后，药效会降低。芽孢怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后﹙5～6小时后﹚遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防效作用，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间。
第五、微生物农药和杀菌剂混用也是不正确的。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀虫剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。