每批次的栽培收菇后，都要对菇棚来进行一次的用药消毒，这样才能下一批的种植品质，这是前提，必须的前提条件，以下是步骤可参考：
步，废菌棒清理出棚以后，另行处理。
第二步，根据下一批的栽培模式，整理地面。
第三步，检查并休整菇棚，包括防虫网、棚膜、草苫等。
第四步，对棚内灌水使之湿透20厘米以下，同时随水灌入辛硫磷，200平方米一瓶（500毫升）。
第五步，2-3天后，棚内可以进入时，地毯式喷洒300倍百病杀溶液一次，每次用药后，打开草苫，令其暴晒即可。
第六步，2天后，按每平方米50克左右的用量撒施石灰粉，待粉尘落定后，即可将播种后的菌袋移入进入发菌期，或将完成菌丝后熟培养的菌袋移入，进入出菇管理阶段。