大棚辣椒为吸收肥量较多的蔬菜类型，辣椒生长期较长，但根系不发达、根量少，耐肥能力较强。每生产1000公斤约需氮5.19公斤、五氧化二磷1.07公斤、氧化钾6.46公斤。在各个不同生育期，所吸收的氮、磷、钾等营养物质的数量会不同，从出苗到现蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分别占总需肥量的5%、11%、34%和50%，从初花至盛花结果是辣椒营养生长和生殖生长旺盛时期，也是吸收养分和氮素多的时期，盛花至成熟期，植株的营养生长较弱，这时对磷、钾的需要量多；在成熟果采收后，为了及时促进枝叶生长，需要施用大量的氮肥。
辣椒苗期施肥以基肥为主，合理施肥，可追施10％的腐熟的人粪尿水，或0.1％的尿素，配合施用少量的磷钾肥，施入厩肥、炕土、猪粪、塘泥、人粪尿、饼肥等，667m2用腐熟有机肥3000-5000kg，过磷酸钙50-80kg，饼肥50-100kg，2/3铺施，1/3施入定植沟内。大棚栽培施基肥量要大，一般每667平方米施入优质农家肥7500kg，饼肥300kg，过磷酸钙60kg，碳酸氢铵50kg。辣椒座果能力好，落花少，产量高，有效的提升辣椒的品质。