腐烂病是苹果树的主要枝干病害，腐烂病一年内，有两个高峰期和两个相对静止期。高峰期出现在3—4月份，此期，果园出现的新病斑数，病斑的扩展速度，都可占到全年总量的70％左右，称为该病的春季高峰期。5—6月，新病斑很少出现，旧病斑干缩、下陷、边缘开裂，停止扩展，称为该病的相对静止期。7—9月，又有新病斑出现，旧病斑又变软扩大，进入该病的秋季高峰期。但是，此期的发病量只占全年总量的20％左右。10月份到次年2月，该病又进入一个相对静止期。病斑刮治是传统的主要疗法。但刮治后的一年至数年，在原病斑的边缘又发生新病斑，这种现象称为旧病复发和病斑重犯。使原病斑不断扩大，危害程度继续加重，导致了骨干枝和整株死亡，防不胜防。通常病斑复率一般在8%～15%，造成这种现象的原因有：刮治不、不严格、缺乏有效药剂、气候因素等。
苹果树腐烂病菌是一种弱寄生菌，苹果树的树龄多数在15年生左右，有一部分已在20年以上，果树腐烂病发生呈逐年加重趋势，部分区域已经进入腐烂病的严重发病期，必须引起高度的重视。
一、加强综合管理，增强树势
要合理负载，调节结果量，避免大小年。第二要合理施肥，8月下旬—10月上旬在树上进行叶面喷肥，在树下拖入有机肥和无机肥，可明显增加树的营养积累，提高树体的营养水平，明显压低第二年春季高峰的严重程度。增施钾肥和磷肥，可明显提高树体对腐烂病的抵抗能力。第三要合理修剪，避免造成过多过大的伤。腐烂病菌是从伤口侵入的，尤其是带有死组织的衰弱伤口易感染腐烂病。因此，对剪口、锯口、日口一定要及时涂药或包泥。第四要保叶促根。防治导致早期落叶的病害和虫害，如褐斑病、红蜘蛛、潜叶蛾等，是培养壮树的主要环节。加强树下管理，促进根部发育，对培养壮树十分重要。要保护好树叶，严格疏果，合理负载，禁止环剥，克服“大少年”。并做到细致修剪，合理留枝，树体健壮。
二、及时病菌
腐烂病菌主要存在于枝干病斑内外、枝干上的落皮层（粗翘皮）、伤口（剪口、锯口、虫伤、日、等）、皮下干斑、枯桩干橛等部位；枯死的芽眼、叶痕、皮孔也有腐烂病菌。病菌的有效措施：要认真搞好果园卫生。及时去除病死枝、刨除病死树、腐烂病斑，不在园内堆积树枝，刮除粗翘皮等，减少果园内病菌数量。第二要进行药剂的防治。适时使用有效药剂，杀灭枝干表面病菌和潜伏侵染病菌，降低果园菌量，控制病害发生是药剂防治的根本目的。
病源。病源，是防治腐烂病的基础措施。因此，要作到定期检查，细致刮治，病源。刮治时，先将病斑涂上药剂，在树干周围要铺上塑料布，收集病皮，防止落地。病斑应切成直茬、菱形，周围要切去2～4毫米的好皮，清净带毒木质，以防遗留病菌，造成复发。刮除病皮后，用43%真彩（戊唑醇）SC300倍或25%斑迪力（丙环唑）EC500倍或30%洁苗（丙环唑苯醚甲环唑）EC500倍涂抹病疤，并对刀具进行。后对病疤涂愈合剂和康复剂进行封闭保护，可以使用PAVC（聚乙酸乙烯酯系）乳液。四五月份中下旬要再进行1次。以后检查当年的病疤和两年以内的病疤，六、七、八月份要各涂1次剂，控制病斑复发。
搞好重刮皮。夏季在果树生长期对苹果树枝干进行重刮皮，减少病菌侵染扩展及致病机会，可及早和有效地防止腐烂病疤复发。具体方法是在树体愈合能力强的6～8月份，选择雨后晴天，用锋利的刮刀将主干、主枝基部树皮的表层刮去1毫米左右活组织。刮时要注意检查旧病疤和刮净病变组织，对树杈和树皮较薄的部位要细心刮，防止刮透树皮，刮后不要涂药，以利愈合。早春和晚秋或天气干旱时不宜进行，以免愈合不良，削弱树势。
三、科学使用化学农药
1、要选择有效药剂。要想杀灭枝干内外的病菌，所有药剂必须具备条菌能力强，谱广，有极强的渗透性或内吸性的特点。同时，兼治其它病虫、无污染、，符合无公害果品生产要求。过去的使用经验证明，石硫合剂、硫悬浮剂等不具备浸透性的药剂效果较差；福美砷等砷制剂虽然效果较好，但它污染环境，不符合无公害果品生产要求，已被农业部明令禁用，请不要再推广使用。43%真彩（戊唑醇）SC力强，谱广，有极强的渗透作用，对腐烂病防治明显，能够促进各种伤口形成愈伤组织，低毒、、不污染环境，符合无公害果品生产要求，可以称之为当前为适用的剂，作为替代砷制剂的品种。
2、准确掌握用药时间和技术。苹果树腐烂病防治时期为落叶后和发芽前，即秋末冬初（11—12月，此时用药当年侵染的腐烂病菌刚在树皮浅层定殖，较易杀灭，此时喷药，效果）和第二年发芽前（3月中旬—4月上旬喷药，也可渗入树皮，杀灭病菌，也有一定效果）。落叶后和发芽前这个时期可分别喷一次43％真彩（戊唑醇）SC3000倍液，落花后，气温升高，病菌开始活动，如果在5—7月份再用43％真彩（戊唑醇）SC300倍液涂刷主干及骨干枝1—2次，也可杀灭一部分潜伏侵染的病菌。可以明显控制腐烂病的危害。
3月份发芽前喷43%真彩（戊唑醇）SC3000倍或25%斑迪力（丙环唑）EC4000倍或30%洁苗（丙环唑苯醚甲环唑）EC5000倍。杀死潜伏于枝干伤口、病斑及侵入表皮的病菌。生长期六、七、八月份喷药防治其他病害时，正是苹果腐烂病菌大量传播、侵染期，每次喷剂时，都要强调周密喷好枝干。对易发病的剪锯口、枝杈处、旧病疤等部位，特别要喷透，对防止和预防腐烂病复发具有良好效果。
苹果摘袋时期因树种、品种和纸袋类型而异。红富士等苹果品种采前15-25天前后摘袋;丰水、新高、黄金等梨品种采前无须摘袋;桃品种一般在采前15天左右摘袋;套葡萄半透明袋的采前不须摘袋，套纸质较厚纸袋的在采前10—15天摘袋。摘袋选择在阴天或多云天气进行，若晴天摘袋一般宜选在日出后果实温度与外界温度基本相同时进行，即每天中午之前或之后的一段时间内进行。时间基本同套袋，以上午9时半至下午4时前为好，应避开午间光照强期，上午宜摘树北侧袋，下午宜摘树南侧袋。