冬瓜的根系强大，而且极易分生不定根，吸肥能力很强。特别是在开花坐瓜期，蔓于叶的生长量大，对肥水的需要量很大，供肥时间也长。所以在种植冬瓜的时候一定得注意“这两点。”
基肥
冬瓜要求氮磷钾均衡的优质有机肥料。河北、山东、北京等地，过去在定植前每亩地施500-1000千克大粪干或1500千克炕土、粪干的土粪混合肥。近年来，大粪干使用减少，圈肥增多，一般每亩地施圈肥5000千克以上。
广东地区种植冬瓜时，注重分层施基肥，整地时在畦中开沟施肥，每亩地施腐熟的猪、牛粪干1000-1500千克，牛角干、骨粉或花生麸50千克。播种前再按株距开穴施猪粪干0.5千克，与干塘泥2-2.5千克混合，盖土后便可播种。
追肥
根据冬瓜不同生育期的要求进行追肥。在瓜苗有5-6片真叶时，开沟施肥，每亩地施粪干500-750千克或优质圈肥1500千克，混合过磷酸钙25-30千克，硫酸铵10千克，施肥后封沟浇水。
这时正值幼苗期结束，即将进入抽蔓期，施肥的主要目的是促进茎叶生长。在植株雌花开放前后要控制水肥，肥水过大容易落花落瓜。
当抽蔓期结束摘心定瓜之后，果实开始旺盛生长，需加强追肥。
，冬瓜在种植期间追肥的原则是前轻后重，先淡后浓。追肥的种类主要是人类尿或每亩地追施10-15千克尿素或硫酸铵。一般到果实收获前，追施3-4次。在冬瓜采收前7-10天，应停止浇水追肥，以利于提高果实耐藏和运输性能。