棚室生产的芹菜为浅根系蔬菜，吸水能力弱，对土壤水分要求严格，因此适宜有机质丰富、保水保肥能力强的黏碱土或沙壤土。缺少有机质，在易漏水肥的沙土、沙壤土栽培芹菜易产生空心现象。另外，芹菜对氮、磷、钾的需求较大，生育初期和后期对氮的需要量都很大，初期需磷较多，后期需钾较多。生育期缺氮易使细胞老化，终导致叶柄产生空心现象。缺磷时芹菜幼苗瘦弱，叶柄干老，叶片无光泽。
芹菜在育苗时期需肥量相对较少，但在育苗期因生长周期比较长，一般达到2个多月，所以每亩（667平方）使用腐熟的鸡粪1000斤，100斤过磷酸钙，10斤硫酸钾，因鸡粪含氮量较高，可以不用再单独追加氮肥。
在育苗过程中，一般不再追施肥料，如果是露地育苗，遇到降雨量大的季节，可能会出现氮元素不足的情况，我们可以酌情一亩地追施硫酸铵10斤就可以了。在这里给种植户建议，无论是在育苗期还是在芹菜定植以后，追施氮肥不建议使用尿素，农户可以使用硫酸铵代替尿素使用。
等芹菜新叶开始展开，于是这芹菜进入快速生长期，因种植季节不同，农户浇水的频次也会有差异，如果按照每10天浇水一次的情况下，建议种植户每次随水冲施硫酸铵10斤，硫酸钾5斤。
有些农户注重氮磷钾的使用，而忽略了中微量元素，缺钙和缺硼会导致新叶干枯，严重的还会导致芹菜茎部开裂。建议种植户在底肥施入中微量元素肥料以外，在芹菜生长期，还要叶面每次喷施糖醇钙50毫升，硼肥20克，磷酸二氢钾80克，喷施2-3次就可以。