没有科学的施用方法是不能让酵素菌肥的肥力完全利用，造成资源浪费，根据多年酵素菌肥的试验及应用体会，参考有关资料，将酵素菌肥的施用，归纳为以下七种方法。
1.分类施取材方便，制法简单的酵素菌发酵秸秆堆肥（以下简称堆肥）和土曲子（又叫普通粒状肥，以下简称普粒）用于大田作物、果树、蔬菜做基肥。高级粒状肥（简称高粒）、磷酸粒状肥（简称磷粒）属于高效精肥，用做果树、蔬菜基肥，也可做追肥。堆肥亩用量500-1000公斤；粒状肥每亩100-200公斤。液体酵素菌肥（天惠绿肥）用于蔬菜，定植时结合灌水将肥液施入，追肥时稀释80-100倍。叶面喷肥（又叫黑沙糖农药）稀释100倍液喷洒叶面。施用堆肥和各种粒状肥时，要注意随运随用，严防日晒和风干。喷洒叶面肥时间，露地和大棚施用，一般选择晴好天气，尽量避免雨天或降雨前后。露地栽培，阴天也可，从早到晚在夜露出现之前结束。但要避开中午高温，一般在上午10时以前和午后2时之后。大棚蔬菜喷洒时间，低温季节，宜在白天作业，日落前2个小时结束。
2.配台施为了提高肥效，可将几种酵素菌肥配合使用。如水、旱田施用堆肥+土曲子做底肥；果、蔬类施用堆肥+高粒+磷粒+土曲子做基肥。蔬菜定植时随着栽苗，口施天惠绿肥，促进生根缓苗。生育期中喷洒叶面肥，促进生长发育。
3.混合施除天惠绿肥和叶面喷肥外，做基肥用的酵素菌发酵堆肥和多种粒状肥，施用前先要混合。施用时再和土壤混合，使之尽量减少与种苗接触机会，避免发生肥害。尤其是磷酸粒状肥烧性大，施用时更应注意。
4.对症施根据需要施用。如水果、蔬菜和水稻育苗时为了壮苗，营养土要加进1％―2％的土曲子；连作大棚蔬菜施用土曲子可减轻病害；苗期（播种、栽苗、插条后）灌施长根用天惠、绿肥；开花、结果期灌施长果的天惠绿肥。叶面喷施酵素液有改善作物品质防治病虫的效果。它能产生多种活性糖、有机酸、维生素和酶，喷洒后被叶面直接吸收，参与代谢，能增强作物的抗病性、抗寒性，改善产品质量。由于干旱或因植株老化根系吸水吸肥能力减弱，地面追肥往往效果不好，喷洒叶面肥，可收到立竿见影的效果。酵素液和多种配料混用产生多种效果。如酵素液＋米醋＋酒精，可控制稻瘟病，防治黄瓜霜霉病，对果菜类可壮苗，改善品质，提高含糖量。酵素液＋尿素，可加速叶菜类生长，使果、菜类多坐果、坐好果。酵素液＋钙（石灰），可防治西红柿、青椒烂蒂把，大白菜烂芯和瓜菜类落花落果。酵素液+米醋+水+磷酸一钙+硫酸钙喷洒植株，使植株健壮，叶片蜡质层增厚，浮尘子、二化螟、蚜虫等害虫的口器不能插入，从而达到减轻虫害的目的。
5.连续施连续施用酵素菌类肥料能壮大土壤中酵素菌有益微生物群体，改善土壤结构，提高土壤肥力，以满足作物生长发育的需要。果树重点秋施磷酸粒状肥，春施高级粒状肥。大田作物和蔬菜分别在播种（育苗、定植），生育中期、后期，根据需要，采取不同方式，多次施用不同种类酵素菌肥。在一块地上也应连年施用，才能表现出改土增肥效果。去日本考察的同志看到，多年施用酵素菌肥的土壤松软得能插进手去，变成我们常说的“海绵田”。
6.覆盖施施用酵素菌肥再覆益地膜，比裸地栽培增产效果更高。玉米地膜覆盖施用酵素菌肥试验结果表明，施用堆肥+两粒和堆肥+尿素两个覆膜处理，分别比裸地增产36.0％、18.9％。地膜覆盖土壤水、肥、气、热协调，发挥了酵素菌肥增产效应。7.兼用施酵素菌发酵秸秆可做肥料，其发酵热还可用来育苗（做苗床垫底），床上温度稳定30℃-40℃长达30天。在大棚里搞堆肥，放出二氧化碳，增加空气中二氧化碳浓度，又是很好的“气肥”。
在以后的生产中酵素菌肥会很广泛的被使用，发挥它的作用，帮助土地增加肥力，起到杀菌灭虫的作用，但是一定要根据它的性能来施用，才能达到事半功倍的效果。