生物有机肥是指微生物与主要以动植物的残体为源料经过腐烂复合而形成的一种生物肥料和有机肥料。生物有机肥有很多种，例如：农家肥、堆肥等，商品生物有机肥。即农家肥商品化生产后的肥料。
生物有机肥原料要求，经过化处理的粪便、农作物的秸秆腐熟的有机肥料、草木灰和发酵菌剂或发酵菌剂液；不含有难以控制的有机害物质的有机原料加工的肥料。
生物有机肥有优点：生物有机肥与传统的肥料相比：生物有机肥营养丰富；而化肥的营养只有一种或几种。生物有机肥对土壤有很好的作用；而化肥可以使土地生硬。生物有机肥可以提高产品品质；而化肥如果使用过多会导致产品低劣。生物能促进化用的利用，提高化肥利用率；化肥作用容易造成养分的流失。生物有机肥不烧根，不粒苗；生物有机肥经高温腐熟，杀死大量的细菌，所以可以减少病虫害的发生。生物有机肥养分含量非常高；而化肥由于经过了高温的处理，造成了养分的流失。生物有要肥气味轻，几乎无臭，而化肥刺眼。生物有机肥施用方便，均匀。生物有机肥价格便宜，生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被告土壤固定养分的释放。生物有机肥本质就含有功能菌生活的环境，施入土壤后容易戚；而生物菌肥的功能菌可能不适合土壤环境。